医院消化内镜工作始于上世纪70年代，近十年步入了飞速发展阶段，年成立国家卫生部内镜培训基地，并获得卫生部内镜诊疗技术培训基地资格。为满足内镜技术迅速发展的需要，医院于年再次投入巨资重新建设南部消化内镜中心，并于年12月启用，新内镜中心建筑面积达多平方米，各功能区布局合理，环境温馨、舒适。消化内镜中心拥有最先进的Olympus电子胃镜、电子肠镜、十二指肠镜、电子染色放大内镜、超声内镜（EUS-ME1）、双气囊小肠镜、胶囊内镜、胆道镜、胆道超声内镜、海博刀及美国GE公司生产的内镜专用移动式C型臂放射机等先进设备。拥有先进的电脑网络系统（包括叫号、监视、教学及转播等功能），可以进行远程教学、转播工作。中心拥有一体化、智能化的先进消化内镜清洗消毒系统，能规范、快捷地清洗消毒消化内镜，有效地杜绝了内镜诊疗过程中的交叉感染，确保医疗安全。配备麻醉复苏监测系统，保障术中及术后复苏安全性。此外，内镜中心还配备独立的多功能手术室，可随时完成双镜联合手术。

目前，内镜中心能完成国内外所开展的所有消化内镜诊疗技术，除普通胃肠镜检查、超声内镜检查、染色内镜、窄波内镜和小肠镜外，还包括食管静脉曲张套扎术和硬化剂治疗、胃底静脉曲张的组织粘合剂注射治疗、消化道狭窄扩张术和内支架治疗、消化道出血的金属夹止血治疗、内镜下经皮胃/小肠造瘘术、内镜下消化道息肉摘除术、息肉尼龙圈套扎治疗、消化道早期肿瘤的EMR和ESD术、经ERCP下的各种介入治疗（包括内镜下鼻胆管引流术、胰胆管结石取石术、胰胆管狭窄塑料支架植入术、胰腺癌和胆管癌的ERCP金属支架植入术、肝移植术后胆瘘封堵术、胆管狭窄扩张术、Oddi’s括约肌功能障碍的内镜下治疗等），以及超声内镜引导下胰腺囊肿/脓肿穿刺引流术、超声内镜引导下胰腺占位穿刺活检术、超声内镜引导下腹腔神经节阻断术及超声内镜引导经胃经肝胆管穿刺引流术等重点技术。仅年我院南部消化科共完成常规胃肠镜检查约2.5万例、ERCP术约例、EUS诊断术约例、EUS引导介入治疗术约80例、ESD约例、POEM术约16例、食道胃底静脉曲张套扎及注射治疗约28例，小肠镜约例，胶囊内镜约64例、NBI约例，各项数据均居全国前列，个别内镜技术如POEM、EUS引导下胰腺囊肿穿刺引流术及EUS引导下经胃经肝胆管穿刺引流术等处于国内领先和国际先进水平。