肝内外胆管构成如同大树一样，一个主干（肝外胆管）并有许多分叉（肝内胆管）。越往肝内分叉越多、越细，而且方向不一，故肝内胆管又被形像地描述为“胆管树”。肝内胆管结石常局限于肝内某段或某叶胆管内（即某一粗树叉及与之相连的小树支内），此类病变常合并有胆管开口处（即树枝汇合部或分叉处）狭窄。导致结石不易被取出及排除，胆汁引流不通畅。胆汁淤积易反复发炎，狭窄以上胆管因梗阻逐渐扩张，胆管内结石也不断增大、增多；局部胆管因反复炎症水肿及瘢痕形成，狭窄加重，形成恶性循环；病变区域肝组织因炎症而逐渐发生不同程度萎缩（严重者萎缩的肝脏内只剩下迂曲扩张的含有大量结石及炎性胆汁的胆管）；部分胆管因长期炎症及结石刺激等发生癌变。这些病变成为以后结石复发的“病根”。

目前，肝胆管结石多采用以手术为主的综合性治疗方法进行治疗，单一那种方法都不能彻底治愈。以往多经肝胆管切开取石或用药物、针灸、体外碎石等排石治疗。虽可取除或排出部分结石，但因病灶存在不断产生新结石，以及胆管开口狭窄切分支多，大结石难以排出或取出，导致结石反复发作。这种情况应当手术切开肝内外胆管联合取石，同时需纠正胆管开口狭窄（可做胆肠吻合）使胆汁引流通畅及并有利于残留的或再形成的小结石排出；也可配合纤维胆道镜术中、术后取石减少结石残留；对明显萎缩的肝段（叶），最好切除，可彻底消除产生结石的病灶，减少复发。近年来，我科采用这种技术（肝内外联合取石+狭窄纠正+萎缩肝叶或肝段切除）治疗肝外内胆管结石，术后再配合利胆排石药物、纤维胆道镜应用等治疗取得了较好的疗效。使许多患者解决多年的苦恼。因为这种手术较复杂，要求患者最好在结石感染发作的间歇期（不发热不疼痛或症状较轻时）进行手术治疗比较安全。